1.增值稅的核算不規范，未按規定進行相關明細核算，如一般納稅人未設置“未交增值稅”科目核算應交而未交及多繳的稅額；或對留抵稅額也通過“未交增值稅”科目核算，出口退稅通過所謂的“補貼收入”科目核算等等，造成增值稅核算混亂。
　　2.運用“發出商品”科目核算發出的存貨，引起繳納增值稅時間上的混亂，按照增值稅條例規定，如采取直接銷售收款方式，商品（產品）發出后，即負有納稅義務（不論是否開具發票）。
　　3.行政管理*等領用原材料、非正常損耗原材料，原材料所負擔的進項稅額并沒有做轉出處理，領用的產成品亦未視同銷售處理。
　　4.銷售廢料，沒有計提并繳納增值稅。
　　5.對外捐贈原材料、產成品未計提相應的銷項稅額。
　　6.為降低稅負，有些企業接受虛開增值稅專用發票用于進項抵扣。對會計人員來說，虛開及接受虛開增值稅專用發票可能構成嚴重的刑事犯罪。
　　7.一般納稅人每月的稅負率恒定，企業本意往往是希望人為控制稅負水平或為了不引起稅務局對異常申報的關注，而實際上正說明了“此地無銀三百兩”，因為通常進貨與銷售并不會同步，每月的稅負率出現適當波動才是正常的。
　　8.取得的增值稅專用發票的開具方與收款人不一致，依規定如果收款人與發票開具方不一致，不可以抵扣增值稅進項稅額。
　　9.小規模納稅人達到規定的銷售額時，可能會被強制認定為一般納稅人，因此，企業應做好相關準備。尤其是快要達到規定銷售額時，不宜保留太多存貨，否則被強制認定一般納稅人后，該項存貨銷售時須按17%等稅率，進項卻沒有抵扣，不劃算。一般納稅人轉正時，通常是半年就需要達到50萬（工業）或80萬（商業）的銷售額，否則，難以轉正。